花梗在花蕾及结果时下垂，开花时挺直，花蕾时长约5毫米，结果时长至15毫米；萼片卵形，长约1毫米，绿色；花瓣盛花时平展，卵状椭圆形，长4-6毫米，宽约2毫米；雄蕊略短于花瓣，花丝黄色，花药甚小；雄蕊心脏形而略长，顶部中央凹陷，花柱淡黄绿色，自雌蕊群的中央凹陷处长出，长不超过2毫米。蓇葖果，顶部呈口状凹陷并开裂，2室；种子长约1.5毫米，厚约1毫米。花、果期5-8月。

亦有研究表明造成植物濒危的原因是人为因素，尤其是生境丧失、生境破坏以及过度开发利用对物种生存的威胁最为严重。野外考察中发现，裸芸香的自然生境遭到了严重的破坏（如丰都开垦田地使得裸芸香生存地变得狭小），而且三峡竣工后势必进一步破坏其生境，使得它的栖息地更加狭小。栖息地的减少将造成个体数量的减小，而个体数量变小所导致的遗传漂变和自交、基因流水平下降则可能是许多濒危物种的致濒因素，所以生境片断化是裸芸香居群分化和缩小的根本原因。一个物种的濒危是由许多内外因素综合作用的结果。由于我们对裸芸香知之甚少，尚需进一步深入探讨裸芸香的进化历史、自然选择、繁育系统、演替阶段等问题，以进一步揭示它的濒危机制。

裸芸香居群有相当一部分分布在长江三峡库区消涨带。2003年6月长江水位上升至135米，虽然已经对巫山和秭归居群海拔135米线以下的部分个体进行了抢救性迁地保护，但仍会有一些自然居群被淹没。对于三峡库区内即将被淹没的裸芸香自然居群，进行迁地保护是唯一可行的方法。1995年有50多株裸芸香被迁至武汉植物园，但并不算成功。它们虽然可以开花结果至11月底，但至今仍没有一株实生苗，且旧植株不断死亡（而野外考察中各个自然居群均有实生苗）.这种情况说明裸芸香适应新生境的能力较差，或者生长发育的某环节甚至是繁育系统出现了障碍。所以最好是在与它的原始生境相似的地区建立迁地保护基地。因为如果迁移地在它们的生态幅范围内，实行迁地保护比较容易成功。值得注意的是秭归居群个体较多，遗传多样性较高，迁地保护中应受到高度重视。

由于对植物实行迁地保护要耗费较多的资源，而且它们离开了原来的生态系统，必然遇到诸如繁殖能力、授粉问题、迁地保护基地的容量问题；并且物种在植物园中存活率低，需要考虑如何保持原来的遗传多样性、尽量避免驯化等问题。所以对不被淹没的居群施行就地保护是最佳的选择。

由于裸芸香居群间的遗传变异大于居群内遗传变异，因此任何一个居群的丧失都将导致遗传变异的严重流失。无论迁地保护还是就地保护，都要保护尽可能多的居群。在居群水平上，巴东居群具有最高的遗传多样性，所以应是重点保护居群之；丰都居群与其他居群相比，RAPD带型较特殊，常会有独特的特征标记或者缺少其他居群所具有的共有标记，而且有时相应带的强度也会与其他居群有显著的差别，反映了丰都居群不同于其他居群的较大的遗传变异与遗传分化，具有稀有基因型，因此丰都居群具有特有标记居群的价值。优先保护巴东的高遗传多样性和丰都居群的遗传特有性为保护裸芸香物种遗传多样性所必需，建议最好保护这两个居群的全部植株。

针对裸芸香总体多样性水平较高，居群内多样性水平较低、地理隔离程度较大，基因流较小的情况，可以采用不同居群进行混合繁殖和相互移植来促进该种居群的恢复。同时加强对遗传流失和易危性的检测及就地、迁地保育技术研究。另外要提高当地居民的保护意识，开发与保护并重，维持居群的自然更新，保证资源的持续利用。